二〇二九年、脳以外のすべてを義体に置き換えた公安9課の草薙素子は、人の「ゴースト」をハックして操る犯罪者「人形使い」を追う。捜査の先で浮かび上がったのは、人形使いが人間ではなく、ネットの海で自ら生まれた生命体だという事実だった。自分の中のゴーストが本物かどうかを問いつづける素子の前に、人形使いは融合を持ちかけてくる。