文明が滅びて千年、地上は腐海と呼ばれる有毒の森と巨大な蟲たちに覆われ、人々はわずかに残された土地で暮らしていた。風の谷の族長の娘ナウシカは、蟲を恐れず腐海の理を知ろうとする、谷の誰よりも風を読む少女である。トルメキア軍が伝説の兵器「巨神兵」を復活させようと谷に侵攻したとき、ナウシカは人と蟲と森のあいだに立ち、戦いを止めようとする。