祟り神と化した猪に呪いを受けた蝦夷の若者アシタカは、呪いを解く道を求めて西へ旅立つ。たどり着いた地では、鉄を求めて森を削るタタラ場のエボシ御前と、山犬に育てられた娘サンが、殺し合う戦いのただ中にあった。どちらにも肩入れせず両者を見ようとするアシタカは、やがて森の主シシ神の首をめぐる争いに巻き込まれていく。