母を亡くし身寄りをなくした9歳の蓮は、渋谷をさまようなか、バケモノたちの世界「渋天街」に迷い込む。そこで彼を弟子に取ったのは、粗暴で孤独な熊徹だった。「九太」と名を与えられた少年は反発しながらも強くなっていくが、人間の世界に戻ったとき、心の奥に潜む闇が姿を現しはじめる。