魔法使いフジモトの娘であるさかなの子ポニョは、家を抜け出して海辺の町へ流れ着く。崖の上の家に住む5歳の宗介に助けられたポニョは、彼を好きになり、人間になりたいと願うようになる。その願いが解き放った魔法によって世界の均衡は崩れ、嵐が町を呑み込むなか、宗介はポニョを、さかなのままでも人間でも好きでいられるかを問われる。